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Préserver les eaux de surface vis-à-vis de l'eutrophisation implique l'estimation des rejets de nutriments (azote et phosphore) et le contrôle de ces rejets à l'échelle du bassin versant. Dans cet article, une méthode d'estimation des charges annuelles en nutriments est présentée. Celle-ci est développée dans l'environnement du SIG (Système d'Information Géographique) ArcInfo®, grâce au langage de programmation (AML). Le développement au sein d'un SIG est justifié par la nature spatiale des caractéristiques du bassin (occupation du sol, localisation des ouvrages d'épuration des eaux usées). L'estimation des charges annuelles est menée à l'échelle du bassin versant en utilisant les fonctionnalités du logiciel et des applications propres adaptées à la modélisation de la qualité des eaux. Le bassin versant est divisé en sous-unités hydrologiques. Est associé à chaque sous-bassin versant un flux potentiel annuel en azote et en phosphore. Le flux est cumulé d'amont vers l'aval jusqu'à l'exutoire pour obtenir une estimation du flux annuel produit sur l'ensemble du bassin. Un suivi de la qualité des eaux de surface en azote et phosphore permet de comparer l'ordre de grandeur des flux mesurés et modélisés.